يتم انتخاب رئيس الأكاديمية من قبل الجمعية العامة المنعقدة من بين الأعضاء الدائمين المقيمين بالجزائر لولاية مدتها ثلاث (3) سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة فقط بنفس الطريقة. يمارس رئيس الأكاديمية الصلاحيات التالية:
- يرأس ويدير أعمال الجلسات الرسمية وجلسات الجمعية العامة واجتماعات المكتب ومجلس الأكاديمية وينسق أنشطتها؛
- يقوم بتوزيع المهام بين أعضاء المكتب؛
- يمثل الأكاديمية أمام مختلف السلطات، داخل الدولة وخارجها؛
- يمثل الأكاديمية أمام القضاء وفي جميع أعمال الحياة المدنية؛
- يعين الموظفين الذين لا تتوفر لهم طريقة أخرى للتعيين؛
- يسهر على تنفيذ واحترام قرارات الجمعية العامة ومكتب ومجلس الأكاديمية؛
- يتأكد من تطبيق اللوائح الداخلية للأكاديمية والامتثال لها؛
- ينسق جميع أنشطة هيئات الأكاديمية ويضمن حسن سير عملها؛
- يضمن تنفيذ ميزانية الأكاديمية؛
- يوقع القرارات والتصرفات نيابة عن الأكاديمية؛
- وله أن يفوض التوقيع للأمين العام في حدود صلاحياته.
- ويرسل إلى رئيس الجمهورية أي تقرير أو توصية أو رأي أو دراسة ناتجة عن أعمال الأكاديمية؛
- يعد التقرير السنوي للأكاديمية ويرفعه إلى رئيس الجمهورية بعد اعتماده من قبل الجمعية العامة.